Azərbaycan Respublikasının Prezidenti yanında Dövlət İdarəçilik Akademiyasının doktoranturasına 1999-cu ildən fəlsəfə doktoru proqramı üzrə, 2012-ci ildən elmlər doktoru proqramı üzrə doktorant və dissertantların qəbulu həyata keçirilir.
Azərbaycan Respublikasının Nazirlər Kabineti 1 iyul 2010-cu il tarixində “Doktoranturaların yaradılması və doktoranturaya qəbul Qaydaları haqqında” 129 nömrəli və 15 mart 2012-ci il tarixində “Ali təhsilin doktorantura səviyyəsi üzrə ixtisasların Təsnifatı”nın təsdiq edilməsi haqqında 65 nömrəli qərarlar qəbul etmişdir. Azərbaycan Respublikasının Nazirlər Kabinetinin 2010-cu il 1 iyul tarixli qərarına əsasən aspirantura pilləsi elm sahələri üzrə fəlsəfə doktoru hazırlayan doktorantura ilə əvəz olunmuş, 2012-ci il 15 mart tarixli qərarına əsasən doktorantura səviyyəsi üzrə ixtisasların adı və şifrələri dəyişdirilmişdir. Dövlət İdarəçilik Akademiyası doktoranturaya qəbulu Azərbaycan Nazirlər Kabinetinin qəbul etdiyi qərar və Təhsil Nazirliyinin göstərişləri əsasında həyata keçirir.
DİA-da doktoranturanın əyani və qiyabi şöbələrinə qəbul büdcə hesabına, dissertanturaya qəbul isə ödənişli əsaslarla aparılır. Ödənişli əsaslarla nəzərdə tutulmuş yerlərin təhsil haqqı Dövlət İdarəçilik Akademiyası ilə dissertant arasında bağlanan müqavilə əsasında tənzimlənir.
Doktoranturanın əyani və qiyabi şöbələrində və dissertanturada 1999-cu ildən 2013-cü ilə qədər 4 istiqamət (Siyasi elmlər, İqtisad elmləri, Hüquq elmləri və Tarix) 9 ixtisas (Beynəlxalq münasibətlər, Siyasi institutlar və sistemlər, Siyasi nəzəriyyə, Dövlət idarəçiliyi, Sənayenin təşkili və dövlət siyasəti, Müəssisələrin təşkili və idarə olunması, Sahə iqtisadiyyatı, Beynəlxalq münasibətlər tarixi, Konstitusiya hüququ; bələdiyyə hüququ) üzrə qəbul keçirilmişdir. 2014-cü ilin qəbul planına Siyasi elmlər istiqaməti üzrə “İctimai fikir” və İqtisad elmləri istiqaməti üzrə “Daxili fiskal siyasət və dövlət maliyyəsi” ixtisası əlavə olunmuşdur.
Dövlət İdarəçilik Akademiyasının doktoranturasının əyani və qiyabi şöbələrində və dissertanturada hal-hazırda 4 istiqamət (Siyasi elmlər, İqtisad elmləri, Hüquq elmləri və Tarix) və 11 ixtisas (Beynəlxalq münasibətlər, Siyasi institutlar və sistemlər, Siyasi nəzəriyyə, Dövlət idarəçiliyi, İctimai fikir, Sənayenin təşkili və dövlət siyasəti, Müəssisələrin təşkili və idarə olunması, Sahə iqtisadiyyatı, Daxili fiskal siyasət və dövlət maliyyəsi, Beynəlxalq münasibətlər tarixi, Konstitusiya hüququ; bələdiyyə hüququ) üzrə doktorant və dissertant təhsil alır. Hazırda Akademiyada fəlsəfə doktoru proqramı üzrə 56 doktorant (16 əyani, 40 qiyabi), 28 dissertant və elmlər doktoru proqramı üzrə 7 dissertant elmi-tədqiqat işi üzərində çalışır.
Dövlət İdarəçilik Akademiyasının müvafiq kafedralarında doktorant və dissertantlar ildə bir dəfə attestasiyadan keçirlər. Hər ilin may ayında Akademiyada doktorant və dissertantların elmi konfransı keçirilir. DİA-nın doktorant və dissertantları Təhsil Nazirliyi tərəfindən keçirilən Doktorantların və gənc tədqiqatçıların Respublika elmi konfransında, xarici ölkələrin elmi jurnallarında məqalələrlə çıxış edirlər. Akademiyada doktorant və dissertantlara 2015-ci ildən “İctimai elmlərdə araşdırma metodları və akademik yazı” və “Fəlsəfə” dərsləri tədris olunur.