Она была создана на базе Бакинского института социального управления и политических наук Указом Президента от 3 января 1999 года. Академия создана 1 сентября 1999 года.

В целях построения подготовки специалистов в области государственного управления в соответствии с современными требованиями, повышения их профессионализма, организации исследований в области государственного управления и усиления аналитического и информационного обеспечения этой области решаю:

1. Создать Академию государственного управления при Президенте Азербайджанской Республики на базе Бакинского института социального управления и политологии.

2. Общее руководство деятельностью Академии и решение организационных вопросов возложить на Администрацию Президента Азербайджанской Республики, а научное и методическое руководство – на Министерство Образования Азербайджанской Республики. .

3. Утвердить Устав Академии государственного управления при Президенте Азербайджанской Республики.

4. Учебный процесс в Академии государственного управления начнется 1 сентября 1999 года.

5. Поручить Министерству Образования Азербайджанской Республики обеспечить перевод студентов, обучающихся в бывшем БИСУиПН, в соответствующие государственные учебные заведения.

6. Кабинету Министров Азербайджанской Республики до 1 сентября 1999 года решить вопросы, вытекающие из настоящего постановления.